使用果壳活性炭之前黑色的粉尘会影响水质的清洁度。但建议不要直接用新鲜的自来水冲洗，因为活性炭的多孔隙一旦吸附大量自来水中的氯以及漂白粉，在随后放置到过滤器靠平时简单的清洗，是无法将活性炭的多孔隙中堵塞的杂物清洁干净的。所以，务必定期更换活性炭，以免活性炭因“吸附饱和”而失去功效。且更换的时机最好不要等它失效以后再更换，如此方可确保活性炭能不断地把水族箱水质中的有害物质去除。建议每月更换1-2次活性炭。
果壳活性炭的处理水质的效率与其处理用量相关，通常为“用量多处理水质的效果也相对好”定量的活性炭被使用后，在使用初期应该经为常观测水质的变化，并留意观测结果，以作为多长时活性炭失效而更换的时间判断依据。在使用治疗鱼病的药剂时，应该暂时将活性炭取出，暂停使用。以免药物被活性炭吸附而降低治疗效果。
目前，果壳活性炭按照灰分的质量分数大致分为1% 3% 5% 8% 10% 10%以上等不同等级。价格较为理想的是灰质量分数在8%以下的产品，而灰分质量分数在8%以上的产品与8%的产品差价超过1000元/t,与其他更优等级的产品差价更高。广泛用于医药、食品等领域的木质和果壳活性炭在灰分为1%4%要实现煤质活性炭替代木质和果壳活性炭。